利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法挖掘番茄果实成熟相关的转录因子

作者: 鞠正曹东艳梁岩田慧琴朱本忠罗云波

关键词: 加权基因共表达网络分析番茄果实成熟转录因子

摘要：为挖掘番茄果实成熟相关的转录因子,利用10个不同番茄组织RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析的方法构建网络.进一步将该网络划分为24个模块,并寻找到8个组织中共16个组织特异性模块.通过对3个番茄破色10d的果实组织特异性模块分析,发现这些模块中含有大量果实品质形成所需的糖、脂、蛋白等相关的代谢过程,并存在类萝卜素合成、果实软化、芳香物质合成以及乙烯生物合成和信号转导所需的关键基因.此结果验证了网络和组织特异性模块的可靠性.通过对棕色模块中转录因子分析,发现在该模块中存在MADS-RIN、AP2a、FUL1 (TDR4)、CNR、NAC4、ERF6、NAC-NOR等果实成熟相关的转录因子,以及大量MADS-RIN转录因子直接作用的靶基因.由此推断棕色模块中其它58个转录因子是潜在的果实成熟转录因子.此结果为番茄果实成熟机制的研究提供新思路.

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利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法挖掘番茄果实成熟相关的转录因子

作者: 鞠正 曹东艳 梁岩 田慧琴 朱本忠 罗云波

关键词: 加权基因共表达网络分析 番茄 果实成熟 转录因子

作者: 鞠正曹东艳梁岩田慧琴朱本忠罗云波

关键词: 加权基因共表达网络分析番茄果实成熟转录因子